Kemiğin kistik lezyonları, primer kemik tümörlerini taklit edebildikleri için önemlidir. Başlıcaları anevrizmal kemik kisti (AKK), basit kemik kisti (BKK), intraosseöz ganglion ve epidermoid kisttir. Ayrıca dejeneratif eklem hastalıkları ve kist hidatik de kemikte kistik lezyon oluşturabilir. Bu lezyonlara tanı koyarken, diğer kemik tümörlerinde olduğu gibi, mikroskopik bulguların yanı sıra hastanın yaşı, cinsiyeti, kliniği, lezyonun yerleşim yeri ve radyolojik bulgular önemlidir. Primer ve sekonder olabilen AKK'leri uzun kemiklerin metafizinde ve vertebra posterior elemanlarında yerleşip, osteoklast benzeri dev hücreler ve reaktif osteoid oluşturan kan dolu multiloküler kistik lezyonlardır. Gençlerde metafiz yerleşimli, epifiz büyüme plağından daha büyük olmayan ve döşeyici epitelin görülmediği membranöz fibröz doku varlığında BKK akla gelmelidir. İntraosseöz ganglion kistleri subkondral alanda gelişen fibröz duvarlı nonneoplastik psödökistlerdir ve eklemde eşlik eden dejeneratif değişiklikler olmamalıdır. İntraosseöz epidermoid kistler, 2. dekadda sık görülen, kafatası kemiği ve falanks yerleşimli lezyonlar olup keratinize skuamöz epitel ile döşelidir. Kemik kistlerinde, yardımcı immünohistokimyasal belirteçler tanımlanmamıştır. Ancak AKK'lerinde gösterilen USP6 gen rearanjmanı, primer ve sekonder AKK ayırıcı tanısında yardımcı olmaktadır.